Alonso Fernández de Lugo, a la postre Adelantado, vence en julio de 1496 a la última resistencia guanche en El Realejo. Con ello acaba la conquista en Tenerife, que se incorpora a la Corona de Castilla, dando por concluida tras 3 años de duras batallas e intentos varios de pacificación. Fue en Aguere (topónimo aborigen que significa «la laguna») donde se enfrentaron el grueso de las tropas castellanas contra los aborígenes del norte de la isla. De ahí que se erigieran la Cruz de Piedra y la ermita de San Cristóbal en el lugar más cruento de la batalla, que por suceder ésta en el día de San Cristóbal se dio su nombre a la Ciudad, y donde murió el Mencey Bencomo o su hermano Tinguaro (la historia no ha podido corroborarlo, aunque siempre han mantenido los historiadores que fue el segundo). La referencia histórica de la Ciudad de La Laguna aparece oficialmente el día 9 de julio de 1497.
Tras la definitiva rendición guanche en el Realejo, Alonso Fernández de Lugo dirige sus tropas hacia Agüere, donde tenía pensado instalarse y fundar una población. Tres razones principales han aducido algunos historiadores para justificar dicha elección: la primera apunta ineludiblemente a su lejanía desde la costa, salvaguarda de los frecuentes ataques piráticos de la época; la segunda razón nos conduce a la propia ubicación insular de La Laguna, siendo paso inevitable para quienes se trasladan de una vertiente a otra de la isla; la tercera y última razón se fundamenta en el suelo y clima de Agüere, ya que este factor permitía el desarrollo de cultivos cerealísticos y buenos pastos para la ganadería. Además, estaba la presencia de La Laguna de agua potable.
El primer asentamiento fue en la actual iglesia de Nuestra Señora de La Concepción, edificándose casas y una pequeña capilla consagra a la Virgen de dicho nombre. Estas efímeras construcciones dieron paso progresivamente a otras más duraderas, requeridas en los acuerdos tomados por el Cabildo de la isla para evitar los asiduos incendios y desastres que se producían por el empleo de materiales combustibles (adobe, maderas y cubiertas de paja). Las construcciones iniciales adolecen de planificación, pero esto cambió por el repentino traslado del Adelantado hacia lo que sería la Villa de Abajo, motivado por los problemas que originaba el agua de la laguna natural en los edificios ( mandada a desecar en 1837). Promoviéndose construcciones ordenadas según la planimetría.
Las autoridades insulares toman múltiples acuerdos de este tipo, en los que podemos hacer un seguimiento de cuantas disposiciones y medidas se fueron adoptando para instar a los vecinos a usar buenos materiales constructivos, mantener la limpieza de las calles, la alineación de las fachadas, etc. Se trataba, en definitiva, de hacer de aquel pequeño núcleo una verdadera ciudad. Se trataba de crear una ciudad ordenada al modo renacentista. El casco histórico de la ciudad queda configurado definitivamente a finales del siglo XVI, como se observa en el primer plano de la ciudad realizado por el ingeniero italiano Leonardo Torriani en 1588. Posteriormente se han transformado muchas casas, se han construido otras nuevas en lugares vacantes, pero el trazado de las calles apenas se ha modificado. Este crecimiento urbano es consecuencia del rápido aumento poblacional experimentado a principios del siglo XVI, espoleado, en cierto modo, por la obligación de residir en el Municipio so pena de perder sus repartimientos en el resto de la isla. Así pues, en 1515 La Laguna contaba con una población que rondaba los 3000 vecinos. Muy pronto comienzan las construcciones civiles destinadas a proporcionar elementos indispensables para el bienestar de la ciudadanía como el agua, traída desde las Mercedes por caños y canales desde 1521, molinos de viento, el Matadero, etc.e imperaba en Europa en ese momento, que era de cuadrícula o damero. Esta decisión del Adelantado la recogen los Acuerdos del Cabildo Insular de 24 de abril de 1500, obligando a los vecinos a instalarse en la Villa de Abajo, prohibiendo el comercio y la construcción en la Villa de Arriba. En el acta se decía: “ Yten ordenaron y mandaron que ninguna persona de ninguna condición que sea osado de hazer casa en la Vylla de Arriba ni hagan ninguna cosa en las que tyenen fechas en las de adobar, so pena que lo derrocarán todo lo que hiziere y le llevarán dos mill mrs. de pena, y las casas que ovyeren de hazer que las hagan desde l’espital de Santespiritus hazia el logar de Abaxo, so la dicha pena”. (Acuerdo nº 178. Casas y pena).
En 1510 la reina Doña Juan «La Loca» concedió pro real Cédula de 23 de marzo el escudo de armas de la Ciudad, representándose el Arcángel San Miguel dominando una peña que simula el Teide. En 1514 el Ayuntamiento solicita el título de Ciudad, ante el silencio de la corte el 21 de julio de 1521 el Ayuntamiento se autoconcede el título de Ciudad, corroborado por la corte de Carlos I en 1531. Posteriormente, se le añade el título de Noble el 8 de septiembre de 1534. Actualmente ostente los títulos de Muy Noble, Leal, Fiel y de Ilustre Historia, Ciudad de San Cristóbal de La Laguna.
Las Casas Consistoriales comienzan a construirse en 1526, reuniéndose hasta entonces el Cabildo Insular en la ermita de San Miguel, sita en la plaza del Adelantado. Los ejemplos de arquitectura religiosa se observan en cada esquina, cada calle, con multitud de ermitas, cruces, calvarios, capillas, iglesias y conventos. Edificios que nos trasladan la momento de erigirse la Ciudad. La Laguna del Dieciocho, es la ciudad de las tertulias de poetas, escritores y artistas que discuten sobre las corrientes que arriban a las islas.
A partir del siglo XVII se produce un notable estancamiento, tanto en materia constructiva como poblacional, aunque son muchos los historiadores que afirman que este hecho es fruto de la dispersión de la población por la periferia. No es esto una afirmación muy veraz, ya que si analizamos los datos censales podemos comprobar que en 1561 habían 7220 vecinos en La Laguna, y que en 1805 habían aumentado sólo hasta los 9672, o sea, que en los casi dos siglos y medio habría aumentado en tan sólo 2452 vecinos. Este estancamiento se manifiesta en la morfología de la Ciudad, comprobable a través del análisis visual de los planos de Torriani (1588) y de Pereyra Pacheco (1831). Este periodo de crisis económica y política del siglo XVII contrasta con el florecimiento de las artes y la cultura en la Ciudad en el siglo XVIII. La Laguna del Dieciocho, es la ciudad de las tertulias de poetas, escritores y artistas que bajo el macenazgo de las más notables familias (Nava y Grimón, Saviñón, Román,etc.) discuten sobre las corrientes artísticas y políticas europeas que van arribando a las islas. Es la Ciudad de las brillantes fachadas, es en definitiva, “la capital de todo cuanto se refiere a las formas más elevadas de la vida urbana, a la sociedad, el arte, al movimiento intelectual”. En el siglo XIX se acelera el proceso de decadencia de La Laguna, testigo impotente de su pérdida de privilegios y poder frente a Santa Cruz, en otro tiempo pequeño puerto pesquero, que cobra auge tras la destrucción, por el volcán, del puerto de Garachico en 1706, asumiendo prontamente las labores administrativas y sirviendo de sede a las nuevas instituciones creadas por la Administración Estatal. A este proceso decadente contribuye la emancipación administrativa de muchas poblaciones dependientes hasta ahora de La Laguna. Fruto de esta rivalidad por ostentar el poder es el suceso, si se quiere anecdótico, de desobediencia de La Laguna a la Diputación Provincial creada en Santa Cruz en 1813. Sólo algunas y esporádicas construcciones de la burguesía santacrucera en La Laguna calman el clima desolador en el que vive inmersa la ciudad, a la vez que se asiste a la ubicación de algunas instituciones culturales, como la Universidad de San Fernando, o eclesiásticas como el Obispado (1818), que tratan de inyectar savia nueva a la centenaria ciudad. En el XIX se amplía el perímetro urbanizado, todo ello sin perder el orgullo de su pasado histórico ni frenar su desarrollo hacia el futuro. En la primera mitad del siglo actual se produce una expansión del perímetro urbanizado, incrementándose considerablemente la población lagunera, que alcanza los 50000 habitantes en 1965. Desde ese inicio del despegue hasta la actualidad La Laguna no ha parado de crecer, alcanzando en su último censo del 1 de enero de 1995 los 127735 vecinos. Es desde la década de los sesenta cuando el crecimiento se hace más patente, a la vez que comienza a producirse un giro de la población desde el sector primario hasta el terciario, que ocupa hoy día la mayor parte de su población activa. Tanto las profesiones liberales, como los sectores administrativos y servicios (transportes, bancos, comercios, etc.) deben en gran medida su dedicación a la Universidad, al Ayuntamiento o al Juzgado, que atraen hacia este centro urbano un importante número de población. En la década de los sesenta se aprueban también el Plan de Volumetría, de consecuencias nefastas para algunos edificios históricos, sustituidos por nuevos inmuebles que no guardan relación alguna con el Conjunto Histórico de la Ciudad. El mayor impacto destructivo se produce en las calles Herradores y Carrera. Actualmente, el término municipal de La Laguna presenta una extensión de 103,1 km2, correspondiente con una zona llana de bastante amplitud, a 550 metros sobre el nivel del mar y a 7,5 Km. de la costa, en el noreste de la isla. La mayor altitud se localiza en el núcleo de Las Montañas, a 791 m., y en El Ortigal, a 750 m.. Le siguen Las Mercedes, Guamasa, Jardina y Los Baldíos entre 600m. y 650m. Entre los 550m. y 600m., además del núcleo urbano de San Cristóbal de La Laguna, destacan los de San Lázaro, La Vega, Vega de Las Mercedes, etc. El resto de núcleos oscilan entre los 300m. y 400m. de altitud, excepto los enclaves turísticos de Bajamar y Punta del Hidalgo. La distancia de la ciudad con respecto a: Santa Cruz de Tenerife es de 9 Km.. Bajamar, a 14 Km., Punta del Hidalgo, a 17 Km., Valle Guerra, a 12 Km., y Tejina, a 10 km., siendo las más alejadas las situadas en la línea de costa. Guamasa, Jardina, El Ortigal, Taco, Los Valles y Los Andenes entre 5 km. y 10 Km.. Los Baldíos, La Cuesta, Las Mercedes, Geneto, Finca España, Las Chumberas, etc. a una distancia inferior a 5 Km. Con respecto a las visitas de interés cultural hay que recomendar un recorrido por las calles de La Laguna. Numerosas edificaciones señoriales, como las casas de los Adelantados, del Corregidor, Lercaro, San Martín, Alvarado-Bracamonte, Bigot, Salazar, Van Damme, Ossuna, Montañés, Mustelier, de los Jesuítas, de Mesa, Suárez, Peraza de Ayala, etc. Podremos admirar sus edificaciones religiosas. La actual catedral, antigua parroquia de Los Remedios que se comenzó a construir en los primeros años del XVI. Guarda valiosos objetos artísticos, como la custodia procesional, el monumento de Jueves Santo y su bello púlpito de mármol. La parroquia de La Concepción, de principios del XVI, con detalles góticos y platerescos. Conserva una custodia de madera y cobre del siglo XVI y una hermosa custodia procesional, junto con imágenes y pinturas salidas algunas de los talleres de Luján Pérez o Fernando Estévez. El Hospital de Nuestra Señora de los Dolores, la iglesia de San Agustín, parroquia de Santo Domingo (antiguo convento de los dominicos), el convento de San Miguel de Las Victorias (que guarda el venerado Cristo de La Laguna), convento de Santa Clara, el de San Diego del Monte, y numerosas ermitas.
San Cristóbal de La Laguna tiene un valor universal y excepcional por la concepción de su plano. Este conjunto histórico, es el arquetipo de la ciudad-territorio. Es el primer ejemplo de ciudad no fortificada, concebido y construido según un plano inspirado en la navegación, la ciencia de la época. Su espacio está organizado según un nuevo orden social pacífico inspirado por la doctrina religiosa del milenio que suscita el año 1500. El plano de la ciudad se lee como el «mapa estelar», en que los puntos corresponden con puntos particulares de la ciudad y a las relaciones entre ciertos de estos puntos y un todo. Tiene un significado simbólico y se interpreta como una carta marina o un mapa de constelaciones de la época. Todo ello lleva a que el 2 de diciembre de 1999, el Comité del Patrimonio Mundial de la U.N.E.S.C.O. reunido en Marrakech (Marruecos) hiciera pública su aprobación del título de Patrimonio de la Humanidad para la ciudad de San Cristóbal de La Laguna, Tenerife.
El Comité del Patrimonio Mundial justifica esta distinción basándose fundamentalmente en los siguientes criterios: La Laguna es un conjunto histórico arquetipo de la «ciudad-territorio», primer ejemplo de ciudad colonial no fortificada y precedente directo de las nuevas fundaciones americanas. Fue trazada a partir de un complejo proyecto, basado en principios filosóficos, realizado gracias a los conocimientos de la navegación, la ciencia de su época. Su trazado original, del año 1500 (época de los Reyes Católicos), ha permanecido intacto desde su creación. Conserva en buen estado cerca de seiscientos edificios de arquitectura mudéjar. La Laguna es un ejemplo vivo del intercambio de influencias entre la cultura europea y la cultura americana con la que ha mantenido un vínculo constante. Esta distinción mundial a los valores de La Laguna, que la reconoce como ciudad ideal, ciudad de paz, recompensa no sólo el esfuerzo realizado durante los últimos trece años por las diferentes Administraciones que han patrocinado el proyecto, sino que es un reconocimiento a todos los habitantes que durante estos quinientos años han amado y cuidado esta ciudad.